Действие игры разворачивается после события оригинального S.T.A.L.K.E.R. Узнав об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию "Фарватер" по взятию ЧАЭС под свой контроль. Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, чтобы впоследствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинутся основные силы военных. Несмотря на тщательную подготовку, операция терпит фиаско. Большинство вертолетов из ударной группы разбивается. С целью сбора информации о причинах провала операции, Служба безопасности Украины направляет своего агента в центр Зоны. Дальше все зависит от игрока.